Способов обновления сборки множество. Для начала попробую доступно описать самый обычный и надежный.

1. Делаем бэкап текущего профиля. Для этого нужно скопировать файл "название вашего профиля".dat лежащего примерно тут \Profiles\"название вашего профиля"\"название вашего профиля".dat, например, на рабочий стол.
2. После качаем новую версию с сайта.
3. Устанавливать желательно не в папку текущего профиля и не в Program Files
4. Запускаем новую сборку и создаем новый профиль.

5. Далее появляется окно

Если его нет, то идем в главное меню--службы--импорт из файла
6. Нажимаем "Далее", Выбираем "Из базы Miranda IM"
7. Если в списке нет вашего старого профиля (так и должно быть при "правильном обновление"), то жмем на кнопку "Другой профиль.." и выбираем наш бэкап на рабочем столе (пункт 1)

8. На следующей вкладке можно выбрать что импортировать

Вот собственно и все, остается ввести данные учетных записей.

PS: Я очень рекомендую именно этот способ, т.к. он помогает избавиться от лишних багов, подчистить профиль при импорте.
PSS: По поводу не установки в Program Files в пункте 3. На windows vista & Se7en при включенном контроле учетных записей может возникнуть 2 проблемы: невозможность создать профиль (ошибка 1) и невозможность получать информацию об овновление сборки.

В некоторых версиях возможно установка поверх старой версии.